Native Mod Loader - это не замена BG3 Mod Manager и не обычный каталог .pak-модов. Он нужен для native DLL-плагинов, которые загружаются из bin\NativeMods и работают ближе к файлам игры.
Если вы ставите обычный мод из официального менеджера Larian или .pak через BG3 Mod Manager, Native Mod Loader может быть вообще не нужен. Сначала читайте требования конкретного мода, а уже потом трогайте папку bin.
Главный риск
По инструкции Nexus загрузчик использует bink2w64.dll и bink2w64_original.dll в папке bin. Поэтому удаление .pak из профиля не откатывает установку Native Mod Loader: изменен другой слой игры.
Перед первым запуском скопируйте всю папку bin. Это быстрее и надежнее, чем потом вспоминать, какой файл был заменен и какой DLL-плагин лежал в NativeMods.
Проверка после установки
Не открывайте сразу основную кампанию. Запустите игру, проверьте главное меню, затем отдельный профиль или тестовый сейв. Если появился Data Mismatch, сверяйте его с инструкцией источника и списком установленных DLL.
Добавляйте native-плагины по одному. Если игра падает на старте, вы сразу поймете, какой DLL или loader вызвал проблему.
Как откатиться
Нормальный откат: закрыть игру, удалить NativeMods, вернуть оригинальный bink2w64.dll или восстановить папку bin из бэкапа. Если бэкапа нет, используйте проверку файлов через лаунчер.
После отката проверьте запуск без native DLL и только потом возвращайте .pak-моды. Так проще отделить проблему загрузчика от проблемы обычного load order.